Ekosistem dapat dianggap sebagai komunitas dari seluruh tumbuhan dan hewan, serta lingkungan fisiknya yang bersama-sama berfungsi sebagai unit yang tidak terpisahkan, atau yang saling tergantung. Ekosistem yang berbeda mendukung komunitas spesies yang berbeda, masing-masing dengan interaksi yang berbeda antar komponen biotik dan abiotik. Untuk menjaga secara menyeluruh keanekaragaman hayati di suatu daerah, dan jasa lingkungan yang bergantung padanya (dan yang kita nikmati), proporsi dari semua tipe dan fungsi ekosistem harus dilindungi atau dikelola secara lestari. Beberapa ekosistem, dan kelompok spesies (atau kumpulan) yang didukungnya, keberadaannya jarang secara alami, terutama ketika kondisi iklim atau geologi yang diperlukan bagi perkembangannya terbatas. Ekosistem dapat berstatus langka atau terancam karena faktor alami yang membatasi penyebarannya (seperti hutan karst yang hanya terdapat di atas batu kapur) atau karena perubahan tutupan lahan dan degradasi yang disebabkan oleh manusia. Tindakan pengelolaan yang diterapkan harus dapat menjamin bahwa proses ekologi alami yang berjalan diseluruh ekosistem akan terpelihara, terutama ciri khas ekosistem. Untuk menentukan apakah ekosistem tertentu masuk kategori langka atau terancam punah, maka diperlukan penilaian pada seluruh unit bio-fisiografis dengan menggunakan proses sistematik yang membandingkan kondisi dan luasan pada masa lampau (sejarah), kondisi sekarang dan kondisi pada masa yang akan datang. Pendekatan pertama dengan menggunakan kriteria berdasarkan NKT Indonesia Toolkit 2008. Ekosistem yang memenuhi kriteria dalam NKT Toolkit Indonesia 2008 berikut ini merupakan ekosistem langka: 1. Memiliki factor alami atau manusia ekosistem alami yang mencakup kurang dari 5% luas areal total dari suatu unit bio-fisiografis. 2. Ekosistem yang memenuhi satu atau lebih kriteria berikut dapat dianggap terancam apabila : 1). Dalam suatu unit bio-fisiogeografis suatu ekosistem sudah mengalami kehilangan 50 % atau lebih dari luas awalnya. 2). Dalam suatu unit bio-fisiogeografis terdapat ekosistem yang akan mengalami kehilangan 75 % atau lebih dari luas semulanya berdasarkan asumsi bahwa semua kawasan konservasi dalam tata ruang dapat dikonversi. Berdasarkan kriteria yang telah disebutkan di atas, beberapa tipe ekosistem langka atau terancam di Sumatera dapat dilihat pada tabel dibawah berikut ini.
Pendekatan kedua dalam penentuan NKT adalah dengan menggunakan pendekatan ekosistem proksi dan penentuan tingkat ancaman dan kelangkaan di dalam wilayah berdasarkan kriteria sebagaimana dijelaskan sebagai berikut ini: 1. Apabila jangkauan eksosistem proksi saat ini telah menurun sebesar >50% dari sejarah distribusinya, maka ekosistem ini dianggap terancam; 2. Apabila jangkauan eksosistem proksi di masa depan diperkirakan akan menurun sebesar >75% dari sejarah distribusinya, maka ekosistem ini dianggap terancam; 3. Apabila jangkauan eksosistem proksi saat ini kurang dari 5% dari total jangkauan seluruh ekosistem alami, maka ekosistem ini dianggap langka.